내국법인이 지출한 연구개발비가 자체연구개발 비용에 해당하는지 여부

내국법인이 연구개발에 따른 책임과 위험을 부담하여, 연구개발에 따른 성과물을 소유하는 등의 요건을 충족하는 경우 자체연구개발비용에 해당함

[회신] 내국법인이 외국법인과 공동사업의 형태로 신약을 개발함에 있어 연구개발활동에 대한 대가를 외국법인으로부터 일부는 지출한 연구개발비에 근거하여 지급받고 나머지는 성공보수 및 일정기간 로열티 형태로 지급받는 경우, 해당 내국법인이 연구개발에 따른 책임과 위험을 부담하며, 연구개발에 따른 성과물을 소유하고 연구개발활동을 주도적으로 수행함에 따라 지출한 연구 및 인력개발비는 「조세특례제한법 시행령」【별표 6】제1호 연구개발란 가목의 자체연구개발 비용에 해당하는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 공동사업자간 계약체결 내용 및 연구개발활동 수행현황 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입 1. 질의내용 ○ 내국법인이 공동사업의 형태로 신약을 개발함에 있어 연구개발단계에서 지출한 연구개발비가 「조세특례제한법 시행령」 [별표6] 제1호 연구개발란 가목의 자 체연구개발 비용에 해당하는지 여 부 2. 사실관계 ○ A법인은 바이어시밀러 사 업 분야에서 축적한 바이오의약품 연구개발 역량을 바탕으로 - 2017년 7월에 미국법인인 B법인과 췌장염 치료 신약 개발 부터 상업화에 이르는 전 과 정에서 협력 및 책임을 규 정하는 쟁점계 약을 체결하였 음 ○ 쟁점계약상 수행되는 신약 개발단계는 임상시험승인신 청과 임상시험 및 공정개발 단계로 구성되어 있으며 - 임상연구개발활동 수행 시 최종 의사결정 권한은 A법인에 있 고 A법인의 전적인 책임하에 임상개발 및 임상운영 디자인 개 발이 이루어짐 ○ A법인은 임상을 수행함에 있어 전문 임상실험연구기관 , 임상시 험자 및 스텝 훈련, 예산개발비용 관리 등 임상연구개발활 동 全단계에 대한 전적인 책임을 A법인이 부담하며 - 임상진행 과정에서 부작용 등의 문제가 발생하는 경우 관계기관 안정성 모니터링 리포트 제출 및 관련 대응과 임상시험 도중 임 상자에게 발생한 문제에 대하여 A법인이 법적인 책임을 부담 함 ○ 쟁점계약상 수행되는 바이오신약 상업화단계는 신약판매허가신청과 상업화 생산 및 판매 단계로 구성되는바 - 신약판매허가신청 및 판매 업무는 B법인이 독점적 권리와 의 무 를 보유하고 있어 자기의 명의로 허가신청을 진행하되, - 시판허가 신청을 위한 자료 준비 등 시판허가 신청을 위한 실질적 업무는 임상3상 물질을 제조하고 당해 제조공정을 개발하는 A 법 인이 수행함 ○ 쟁점계약상 A법인에 발생하는 수익을 단계별로 구분하면 다 음과 같음 | ※ A법인의 쟁점신약 개발관련 수익분배 구조 구 분 청구 시기 지급 금액 Development Expenses 임상 완료 후 예산초과 개발비의 100% 신약 시판 허가 신청 시 실제 개발비용의 50% Milestone Fee 신약 시판 승인 시 85 Million USD Royalty 매출액 발생 시 순이익의 13% ～ 15% * A법인이 연구개발활동에 실패한 경우 B법인으로부터 실제 개발비용의 50%를 지급받음(「계약서」 5. 계약해지) | 구 분 | 청구 시기 | 지급 금액 | Development Expenses | 임상 완료 후 | 예산초과 개발비의 100% | 신약 시판 허가 신청 시 | 실제 개발비용의 50% | Milestone Fee | 신약 시판 승인 시 | 85 Million USD | Royalty | 매출액 발생 시 | 순이익의 13% ～ 15% | | 구 분 | 청구 시기 | 지급 금액 | | Development Expenses | 임상 완료 후 | 예산초과 개발비의 100% | | 신약 시판 허가 신청 시 | 실제 개발비용의 50% | | Milestone Fee | 신약 시판 승인 시 | 85 Million USD | | Royalty | 매출액 발생 시 | 순이익의 13% ～ 15% | ○ A법인과 B법인은 각자 창출한 지적재산권에 대하여 각 자 독점적 소유권을 보유하나, 공동으로 창출한 지적재산권은 양사가 공동 소유 및 각자 행사 가능하며 - A법인은 B법인으로부터 Milestone fee를 지급받은 후에 임 상결 과물 일체를 B법인에게 이전해야 하는바 - 이 경우에도 A법인이 제조공정 등에서 창출한 지적재산권은 A법인에 귀속되며(B법인에 이전되지 않음) - B법인은 A법인의 동의 없이 해당 임상결과물 일체를 쟁점계약 이외 다른 신약개발에 임의적으로 활용할 수 없음 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제9조 【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】 ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충 당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱 하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. 1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필 요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구 개 발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대 통령 령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사 용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위 한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동 을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으 로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 ① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. 1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공 기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 ② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다. 1. 일반적인 관리 및 지원활동 2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험 3. 반복적인 정보수집 활동 4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동 5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무 6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동 7. 위탁받아 수행하는 연구활동 ○ 조세특례제한법 시행령 [별표6] | 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 (제8조제1항 관련) | | 구분 | 비용 | | | | | 1. 연구개발 | 가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다) 에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부 령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가) 「소득세법」 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조 에 따른 퇴직급여충당금 다) 「법인세법 시행령」 제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등 | | (이하 생략) | ○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다. 1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구 개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 " 신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연 도에 발생한 신성장동력·원천기 술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금 액 3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 . 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액